ORGANIZACIÓN
Como se establece en el Decreto 039-97, la responsabilidad por la ejecución del Censo recayó sobre el Instituto Nacional de Estadísticas y Censos (INEC), conforme a su Ley Creadora y del Ministerio Agropecuario y Forestal (MAG-FOR). En armoniosa colaboración con el INEC, el MAG-FOR apoyó fundamentalmente en las siguientes áreas:
Ø Apoyo cartográfico;
Ø Definición de temática y variables a investigar;
Ø Elaboración de la Boleta Censal;
Ø Actividades de Supervisión de campo;
Ø Validación de resultados.
El Tercer Censo Nacional Agropecuario se organizó de acuerdo al siguiente organigrama:

En el operativo censal trabajaron más de 4,600 personas, bajo la conducción del Director General del INEC, quien a su vez es, el Director Ejecutivo Nacional del Proyecto.
38 Técnicos Nacionales de la Oficina del Censo en Managua
17 Delegados Departamentales
151 Delegados Municipales
17 Auxiliares Técnicos Departamentales
1 Auxiliar Técnico Intermunicipal
171 Auxiliares Técnicos Municipales
117 Facilitadores para capacitar a 4,786 aspirantes a Supervisores y Empadronadores
965 Supervisores
3011 Enumeradores
24 Ordenadores
7 Jefes de Crítica-Codificación
18 Supervisores de Crítica-Codificación
54 Críticos-codificadores
4 Supervisores de digitación
5 Verificadores de digitación
36 Digitadores
16 Personal administrativo
34 Personal de apoyo
El Tercer Censo Nacional Agropecuario tiene un presupuesto total de U.S $ 9.7 Millones de Dólares que fueron aportados en un 47 % por la Unión Europea, en un 2 % por FAO y un 51 % aportados por el Gobierno de la República de Nicaragua.